Pruntrut (französisch) Porrentruy, ist eine Kleinstadt und Hauptort des gleichnamigen Bezirks im schweizerischen Kanton Jura sowie der Region Ajoie.

Pruntrut liegt auf 443 m ü. M., 21 Kilometer westnordwestlich des Kantonshauptorts Delsberg. Die Stadt erstreckt sich in einer weiten Niederung beidseits der Allaine, in der Ajoie, am Nordfuss des Kettenjuras. Die stattliche Altstadt von Porrentruy liegt in leicht erhöhter Lage.

Der einst für eine Sägerei gestaute Moorsee liegt zwischen Tramelan und Saignelégier in einer bewaldeten Mulde auf dem Hochplateau der Freiberge (Kanton Jura). Das heutige Naturschutzgebiet umfasst mit dem Waldgebiet um den eigentlichen Moorsee eine Fläche von einem Quadratkilometer.